天昊16S扩增子绝对定量测序项目文章登陆《Bioresource Technology》
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昊文章
微生物
16S扩增子绝对定量测序
【影响因子:7.539】
北京工业大学城市建设学部杨艳玲研究员课题组的研究成果近期发表在SCI一区期刊《Bioresource Technology》上,研究成果发现中试规模的两级潮汐人工湿地中多孔基质和功能菌属的协同作用低温下高效去除营养物质。在这项研究中使用了天昊生物创新型的微生物16S扩增子绝对定量测序技术。在恭喜客户发表文章同时,我们想跟大家分享一下文章的研究思路。英文题目:The synergy of porous substrates and functional genera for efficient nutrients removal at low temperature in a pilot-scale two-stage tidal flow constructed wetland中文题目:中试规模两级潮汐流人工湿地中多孔基质和功能菌属的协同作用对低温下营养物质的高效去除期刊名:Bioresource Technology 影响因子:7.539
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研究概要
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研究背景
与城市污水相比,来自一些公共建筑和居民区的分散式生活污水通常营养物浓度较低,分布较广。人工湿地(CWs)被认为是氮(N)和磷(P)净化的有效且低成本的选择,它主要依赖于底物和微生物通过复杂的物理、化学和生物过程的协同作用。然而,对于低温下总氮(TN)和总磷(TP)的高效稳定去除仍然是一个挑战,尤其是在低温条件下,总氮(TN)和总磷(TP)的去除率分别低于50.4%和28.2%。溶解氧(DO)不足会降低氮的生物降解,传统基质(如砾石和沙子)的低吸附容量限制磷的吸附。因此,如何提高基质与微生物的这种协同作用是人工湿地(CWs)处理分散生活污水的关键。潮汐人工湿地(TFCWs)作为改良的人工湿地,可以在不增加曝气量的情况下,通过“淹没/浸润”和“排水/闲置”阶段的有节奏循环来改变厌氧和好氧环境。另外,近年来,多孔基质在TFCW中得到了广泛应用,这不仅是由于对微生物具有良好的吸附性能和栖息环境,而且在多孔基质中通过“潮汐操作”进行良好的复氧,有利于同步硝化反硝化(SND)过程(在处理系统中,硝化和反硝化反应往往发生在同样的处理条件及同一处理空间内)。之前的研究发现在TFCW中引入生物炭,获得了较高的NH4 +-N去除效率。同时,提出沸石对NH4 +-N的快速吸附和生物降解动态过程理论。然而这些单级TFCWs在同步硝化反硝化(SND)过程后期不能调节溶解氧(DO)和有机碳源供应,导致NO3--N积累(>10mg/L),总氮(TN)净化性能不理想。此外,磷吸附基质(如天然黄铁矿、铝土矿和泥炭)被广泛应用于人工湿地(CWs)中,以提高总溶解磷(TDP)的去除率。然而,很少有人研究去除人工湿地生活污水中主要的P污染物-颗粒磷(PP)。活性氧化铝(AA)具有比表面积大、多结合位点等优点,在TFCW中具有很好的同时去除总溶解磷(TDP)和总氮(TN)的能力,同时,活性氧化铝(AA)的高孔隙率可能增加单级TFCW的堵塞风险。与AA相比,页岩陶粒(SC)粒径较大,是去除颗粒磷(PP)的理想选择。因此,有必要设计一个两阶段的TFCW,将页岩陶粒(SC)设置为第一阶段,将活性氧化铝(AA)设置为第二阶段,从而有效去除总磷(TP)并延长CWs的使用时间。两阶段的TFCW可以调节不同的再氧化条件和有机碳源供应,从而在低温下实现有效的总氮(TN)去除性能。微生物在人工湿地的污染物清除中起着关键作用。研究发现基于传统砾石的两级人工湿地深度测序在第一阶段成功培养反硝化微生物,在第二阶段成功发现了氨氧化细菌(AOB)。同样,多级垂直流人工湿地通过提高细菌的丰度从而进一步促进沸石,页岩和陶粒对氮的转化。活性炭和陶粒在人工湿地中的组合施用通过硝化,好氧反硝化和厌氧反硝化促进了NH4 +-N的去除。此外,铁碳人工湿地同时增强了异养和自养反硝化对NO3--N和TDP去除的协同作用。上述研究主要指出功能菌属与氮去除之间的潜在关系。然而,很少有人关注尤其是在低温下人工湿地中的微生物种间相互作用或它们的协同作用。此外,有些研究在实验阶段末期强调氮代谢关键基因的重要作用,而忽视了与氮磷去除相关的关键基因和功能菌属在整个人工湿地运行过程中的协同作用。更重要的是,准确反映了不同运行阶段样品中微生物的绝对丰度的16S扩增子绝对定量测序技术在这些人工湿地中还没有得到应用。此外,基质特性及其变化也会影响功能菌属组成和污染物去除途径,然而,在低温下人工湿地中,与氮和磷去除相关的功能菌属与受基质影响的环境因子之间的相互作用仍不清楚。在此基础上,构建了一个第一级SC-TFCW和第二级AA-TFCW的两级中试规模TFCW,命名为SC-AA-TFCW。本研究的具体目标是:1)研究低温(<15℃)下氮、磷的去除性能,并探讨TFCW不同阶段污染物去除的主要贡献;2)用16S扩增子绝对定量测序技术确定微生物群落和功能菌属的变化;3)揭示启动和稳定阶段的氮和磷代谢途径; 4)确定与氮磷去除相关的功能菌属、关键代谢基因和环境因子之间的联系。基于以上结果,阐述了多孔基质与微生物协同去除污染物的能力。03
研究方法
样品采集与测定:
每周两次从每个TFCW的入口和中间收集水样。根据标准方法(APHA,2012)测量了包括COD、NH4 +-N、NO2−-N、NO3−-N、TN、TDP、PP和TP等参数。借助于便携式Hach HQ30d多参数分析仪测量溶解氧(DO),pH和温度。在第10天、第41天、第60天和第114天,从每个TFCW的中间位置采集三份微生物样本,将三份样品混合作为一个生物膜样品,用于进一步的微生物分析。本研究采集了8个生物膜样品,包括SC10、AA10、SC41、AA41、SC60、AA60、SC114和AA114。
16S扩增子绝对定量测序:
使用E.Z.N.A.® Soil DNA Kit (Omega Biotek, U.S.)从8个生物膜样品中提取微生物DNA。DNA样品送至上海天昊生物科技有限公司进行16S rRNA扩增子绝对定量测序(V3-V4)。
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研究结果
图2 SC-AA-TFCW在低温(<15℃)下启动和稳定阶段的污染物去除性能:(a)COD;(b)NH4 +-N;(C)TN;(d)TP 。
SC-AA-TFCW中氮磷转化动力学研究
为了更好地理解氮和磷的转化过程,展示了一个典型循环中NH4 +-N、NO2 −-N、NO3 −-N、TN、PP、TDP和TP的变化(图3)。NH4 +-N和TN在10h内同时被去除,并在最后2h内保持稳定(图3a)。在整个循环过程中,没有观察到明显的NO2 −-N或NO3 −-N的积累。另外,前4h总氮去除率为28.5mg/L,占总去除量的78.9%。总的来说,有报道表明TN可以通过异养和自养反硝化去除,而前者的速度要快于后者。本研究中在前4小时,SC-AA-TFCW中的COD/TN比值在6.68到5.01之间(图3b)。同样,在该阶段可以保持有氧环境,其溶解氧梯度范围为5.21-1.53 mg / L(2 h)和4.72-1.64 mg / L(2 h)。这些结果表明,在TFCW中高COD / TN比(> 5.0)下,好氧反硝化可以有效地去除TN,这得到了我们先前的研究的支持。此外,有报道表明周期性复氧的好氧环境比传统人工湿地(CWs)更为密集,可以促进NH 4+-N的去除,SC-AA-TFCWs中的氧扩散也比人工曝气人工湿地(CWs)弱,这阻止了大量NO3 −-N的积累。因此,多孔基质周期性复氧更有利于低温好氧反硝化。
在SC-AA-TFCW中,TP在8 h后稳定在0.1 mg / L以下(图3c)。在本研究中,TP的净化性能可以通过TDP和PP的去除来体现。其中,以AA-TFCW为主,对TDP的去除率为69.5%。另外,SC-TFCW对PP的去除率为85.6%。一方面,有报道表明TDP的化学吸附受Ca、Fe或Al及其氧化物和氢氧化物含量的强烈影响。铁铝氧化物是SC去除TDP的主要磷结合物(图3d)。至于AA,大量的铝氧化物/铝氢氧化物可生成-OH替代磷酸盐离子,因此,配体交换可能是TDP去除的主要途径。另一方面,有报道表明PP通常通过物理吸附去除。SC上最密集的孔径分布在22.4~115.1nm之间,主要分布在中孔(2~50nm)和大孔(>50nm),该结果表明SC-TFCW有助于中孔和大孔对PP的大部分去除。而在AA上,孔径分布在1.88~6.49nm之间,多为微孔(<2nm)中孔结构。因此,配体交换的化学吸附和基质上大孔和中孔的物理吸附分别是SC-AA-TFCW去除TDP和PP的主要途径。
与氮磷去除有关的功能菌属的变化
在SC-AA-TFCW中,鉴定出47个优势菌属(至少一个样本>1500 copy/ng DNA)(图4a)。其中与脱氮除磷有关的17属占总拷贝数的83.2%,因此,它们的动力学可能为低温下有效的脱氮除磷奠定了基础。具体来说,Ferribacterium以低拷贝数存在于页岩陶粒(SC)上。但在AA10和AA41上迅速富集,在AA60和AA114上逐渐减少,这说明Ferribacterium在有氧条件下更容易在活性氧化铝(AA)上存活。根据以往的研究,Ferribacterium不仅与NO 3−-N异化还原为NH 4+-N呈正相关,而且Ferribacterium也被报道为好氧反硝化细菌(ADNB),在同步硝化反硝化(SND)过程中同时实现废水NH 4+-N和TN去除。与Ferribacterium不同,Zoogloea是一种典型的反硝化菌,在低温下对SC和AA都有很好的适应性。在启动期和稳定期,Zoogloea数量迅速增加,达到6.1×104 copy/ng DNA以上,表明其可能是低温环境下脱氮的关键好氧反硝化细菌(ADNB)。此外,有研究已证明Pedobacter可决定硝化过程,发现在8.5℃的温度下富集在SC10和SC41上,然而,很少在SC60和SC114上检测到(<500 copy/ng DNA)。这一变化表明,土壤细菌在启动阶段能够迅速繁殖并参与脱氮,在稳定阶段随着其他细菌的富集逐渐丧失优势。研究报道Acidovorax、Thauera、Dechloromonas是典型的ADNB,在SC-AA-TFCW中实现有机物和NH 4+-N的同时去除性能,而无需NO3 −-N的积累。这些功能菌属在低温下适应迅速,持续生长繁殖,成为SC-AA-TFCW的优势菌。
至于其他与脱氮有关的属,Gemmobacter被认为是处理实际生活污水的典型缺氧反硝化菌,并在SC114和AA114上富集,其绝对丰度分别为591 copy/ng DNA和6745 copy/ng DNA。此外,据报道,Propionivibrio和Pseudoxanthomona是缺氧生物反应器中主要的反硝化菌,可同时减少NO 2−-N和NO 3−-N。在本研究中,Propionivibrio和Pseudoxanthomonas在SC-TFCW中快速富集,在AA-TFCW中也检测到大量(>3000 copy/ng DNA)。因此,Gemmobacter,Propionivibrio和Pseudoxanthomonas存在于好氧/间歇好氧环境中,可推断为兼性厌氧反硝化细菌(FADNB)。在稳定期,Hydrogenophaga逐渐增多,在SC114和AA114中分别占1.36%和7.11%。研究报道Hydrogenophaga可以作为自养反硝化细菌(AUDNB)从还原物质(如氢离子和亚铁离子)的氧化中获取能量来进行脱氮。X射线荧光分析表明,SC和AA中含有丰富的还原元素(如Al、Fe和Ca)。这些元素可能在复杂的物理、化学和生物过程中产生还原物质,促进Hydrogenophaga自养反硝化。在启动阶段,所有ADNB、FADNB和AUDNB分别占总微生物组的92.7%、4.78%和2.49%,在稳定阶段分别占66.19%、19.1%和13.8%(图4b)。在自养属中,启动期AOB(主要是Nitrosomonas)和NOB(主要是Nitrospira)很少在SC-AA-TFCW中检测到,在稳定期(每个样品中<500 copy/ng DNA)以低数量存在。因此,ADNB、FADNB和AUDNB可能是低温高效脱氮的主要微生物途径。
在人工湿地中,微生物磷去除通常被忽略。而SC-AA-TFCW的平均磷出水浓度在稳定阶段由0.242mg/L下降到0.105mg/L,因此,应注意潜在菌属对磷去除的重要作用。据报道,Dechloromonas是去除营养物质的反硝化聚磷菌,在SC-AA-TFCW中,Dechloromonas为优势属,稳定期的绝对定量范围为3274~15976 copy/ng。Hydrogenophaga还可以同时去除纺织废水中的氮和磷。因此,Dechloromonas和Hydrogenophaga可能在SC-AA-TFCW中对磷的去除起重要作用。
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研究结论
天昊16S扩增子绝对定量测序技术简介
该技术是一种将qPCR绝对定量技术和常规16S扩增子测序技术合二为一的技术,该方法通过向样品DNA中添加拷贝数已知的内标序列DNA ,微生物DNA和内标序列DNA一起进行PCR扩增,然后一起进行16S扩增子文库构建、测序,再根据内标序列的16S扩增子序列数及其绝对拷贝数绘制标准曲线,计算出样品中OTU代表序列对应物种16S rRNA基因绝对拷贝数。该技术不但可以进行Alpha多样性分析、群落组成分析、Beta多样性分析、指标和微生物相关性分析等常规16S扩增子测序分析,关键可以解析样本中总细菌的绝对拷贝数,还可以解析样本中每个物种的绝对拷贝数,因而对微生态学内许多悬而未决的问题具有进一步阐明的潜力。此外,该技术进行细菌拷贝数定量时,构建标准曲线的内标和样本DNA是在同一个样本孔中一起进行PCR反应,所以PCR反应效率相同,因此校正了腐殖酸对PCR的影响,避免了腐殖酸等PCR抑制物对样品细菌16S拷贝数定量的影响,因此针对土壤、水体和淤泥等环境样本,天昊生物16S扩增子绝对定量测序技术计算得到的细菌16S拷贝数相对于qPCR更准确。
天昊16S扩增子绝对定量测序技术
应用情况
目前天昊微生物16S扩增子绝对定量测序技术平台已经完成项目175个,样本数量高达5246个。合作单位包括中国科学院微生物研究所、中国科学院南京土壤研究所、中国科学院水生生物研究所、同济大学环境科学与工程学院、厦门大学环境与生态学院、中国农业大学、南京农业大学、东北农业大学、重庆市农业科学院、盐城工学院、南京财经大学、南京中医药大学、武汉大学中南医院、新疆医科大学公共卫生学院、山东大学齐鲁医院等多个单位,覆盖环境土壤微生物,环境水体微生物和医学肠道微生物等多个领域,利用该技术的项目文章达到7篇,其中包括《Bioresource Technology》(IF=7.539)、《Carbohydrate Polymers》(IF=7.182)、《Science of the Total Environment》(IF= 6.551)、《Journal of Agricultural and Food Chemistry》(IF=4.192)、《Food & Function》(IF=4.171)、《World Journal of Gastroenterology》(IF=3.665)等国际著名环境科学、医学和食品领域期刊上。目前该技术因其创新性、准确性和稳定性受到客户的广泛好评! 天昊生物目前是国内唯一一家提供 “微生物16S扩增子绝对定量测序”技术的服务商,热烈欢迎各位老师与我们交流沟通!
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